会社設立の代行選びで起きやすい思い違い｜東京で取りこぼしやすい7つ

01本店を置く区市の証明書を取り損ねる

いちばん取り返しがつかないのが、本店を置く区市町村の特定創業支援等事業の証明書です。

この証明書があると、会社設立の登録免許税の税率が0.7%から0.35%になります。株式会社なら15万円が7万5,000円に、合同会社なら6万円が3万円になります。

問題は、登記の後に取っても戻らないことです。証明書は登記申請のときに添付するものだからです。

しかも、受講に1か月以上かかります。国の制度で「1か月以上4回以上」と決まっているので、急いでも短くできません。

証明書の交付にも日数がかかります。港区は窓口で即日発行ですが、渋谷区はオンライン申請のみで1週間ほど、立川市も1週間程度かかります。

つまり、会社設立の1か月半から2か月前には動き始めていないと間に合いません。

東京では23区も26市もすべて創業支援等事業計画の認定を受けています。つまり、東京のほとんどの場所でこの軽減に手が届くということです。手が届くのに使わないのは、もったいない話です。

全国対応のクラウドサービスは書類作成のツールなので、自治体の制度の案内は範囲外です。案内がないまま会社設立が進むと、この軽減を逃します。

会社設立の相談のときに「本店を置く区市の証明書は取ったほうがいいですか」と聞いてみてください。答えが返ってくるかどうかで、東京の制度への慣れが分かります。

出典：中小企業庁「会社設立時の登録免許税の軽減について」（2026年9月時点）

02電子定款かどうかを確かめないまま進める

株式会社を作る場合、定款を紙で作ると収入印紙4万円がかかります。

電子定款なら、この4万円はかかりません。代行に頼む理由のひとつが、ここにあります。

自分で電子定款を作るには専用の設備が要ります。一度しか使わないものにその費用をかけるのは現実的ではありません。

会社設立の代行の多くは電子定款に対応していますが、すべてがそうとは限りません。公式サイトに書かれていない場合は、確かめてください。

代行手数料が4万円だとしても、電子定款で印紙代4万円が浮くなら差し引きゼロです。手数料だけを見て「高い」と判断すると、この計算を見落とします。

合同会社の場合も同じです。定款認証は要りませんが、紙の定款には収入印紙4万円がかかります。

定款認証の公証人手数料も確かめてください。資本金の額等が100万円未満で3要件を満たせば1万5,000円、100万円以上300万円未満で4万円、300万円以上で5万円です。

東京の税理士法人や司法書士事務所は、会社設立を数多く扱っているところが多くあります。電子定款に対応していない事務所は少数派ですが、念のため確かめておいてください。

この区分を知らずに資本金を決めると、手数料が上がることがあります。会社設立の相談のときに、資本金の額も一緒に相談してください。

出典：日本公証人連合会「9-4 定款認証」（2026年9月時点）

03登記申請を誰がするのかを誤解する

会社設立の登記申請を代理できるのは、司法書士だけです。

税理士法人や行政書士事務所が「会社設立をまるごと代行します」と書いていても、登記申請そのものは提携する司法書士が担当します。

これは違法な形ではありません。きちんと提携していれば、まったく問題のない進め方です。

ただし、誰が担当するのかは知っておくべきです。定款の設計について詳しく相談したいなら、司法書士と直接話せるかどうかが効いてきます。

行政書士は定款の作成を扱えますが、登記申請は扱えません。税理士は税務を扱いますが、登記申請は扱えません。それぞれ得意な分野が違います。

許認可が必要な事業なら行政書士、会社設立の後の税務まで見てほしいなら税理士、登記の設計を相談したいなら司法書士。こういう選び方になります。

会社設立の相談のときに「登記申請は誰がやりますか」と聞いてください。提携司法書士なら、事務所名まで教えてもらえるはずです。

東京には、この3つの資格が同じ事務所に集まっているグループもあります。そういう相手なら、窓口をひとつにできます。

会社設立の後も、増資・役員の変更・本店の移転など登記の場面は何度も出てきます。最初に付き合う相手を選ぶときに、その先も見ておくと後が楽です。

出典：東京法務局「不動産登記／商業・法人登記の管轄区域一覧」（2026年9月時点）

04手数料0円の条件を確かめない

「会社設立の手数料0円」という表示は、東京の税理士法人でもよく見かけます。

この0円には、たいてい条件があります。一定期間の顧問契約を結ぶことが条件になっていることがほとんどです。

これ自体は悪い仕組みではありません。会社設立の後に顧問税理士を探すつもりなら、むしろ手間が省けます。

問題は、条件を確かめないまま話が進むことです。会社設立の代行手数料が数万円浮いても、顧問料が月2万円なら1年で24万円です。

指定されたソフトウェアの年間契約や、一定額以上の購入契約が条件になっていることもあります。何が条件なのかを、契約の前に確かめてください。

顧問契約なしで会社設立だけを頼むこともできますが、その場合は所定の代行手数料がかかるのが普通です。

当サイトの比較表では、条件の列を必ず設けています。手数料の金額だけを並べても、比べたことにならないからです。

東京は会社設立の数が全国でいちばん多い土地なので、こうした表示を掲げる事務所も多く見かけます。そのぶん、条件を読み比べる場面も増えます。

0円という表示を見たら、「何が条件ですか」と聞いてください。はっきり答えてもらえるかどうかも、判断の材料になります。

※ 2026年9月時点の各社公式サイトの表示にもとづきます。記載がない項目は「公式サイトに記載なし」としています。料金・条件は変わることがあるため、申し込む前に必ず公式サイトで確認してください。掲載は当サイト調べです。

出典：消費者庁「令和5年10月1日からステルスマーケティングは景品表示法違反となります。」（2026年9月時点）

05実費込みの総額で比べていない

会社設立の費用は、代行手数料と実費に分かれます。この2つを分けて考えないと、比べたことになりません。

株式会社の実費は、登録免許税15万円と定款認証の公証人手数料です。電子定款なら収入印紙4万円はかかりません。

定款認証の手数料は資本金の額で変わります。資本金の額等が100万円未満で3要件を満たせば1万5,000円、100万円以上300万円未満で4万円、300万円以上で5万円です。

つまり、株式会社の実費は16万5,000円からということになります。合同会社は登録免許税6万円だけです。

ここに代行手数料が乗ります。「手数料0円」でも実費はかかるので、会社設立に必要なお金がゼロになるわけではありません。

本店を置く区市の証明書があれば、登録免許税が半額になります。株式会社なら9万円から、合同会社なら3万円からです。

比べるときは、実費込みの総額で並べてください。当サイトの比較表でも、総額の列を設けています。

東京23区内なら、法人都民税の均等割も見込んでおいてください。資本金等の額が1,000万円以下・従業者数50人以下なら年額7万円からで、赤字でもかかります。

そして、会社設立の後にかかるお金も見てください。顧問料、記帳代行、決算の申告。会社設立の一度きりの費用より、こちらのほうが大きくなります。

出典：日本公証人連合会「Q3 定款の認証に要する費用、株式会社設立の費用等はいくらですか。」（2026年9月時点）

06会社設立の後の届出を誰がやるか決めていない

会社設立が終わると、届出が続きます。ここで慌てる方が少なくありません。

健康保険・厚生年金保険新規適用届は事実発生から5日以内です。法人であれば代表者一人でも加入が必要です。

労働保険の保険関係成立届と雇用保険適用事業所設置届は10日以内、都税事務所への法人設立・設置届出書は23区内なら事業開始の日から15日以内です。

税務署への法人設立届出書は設立から2か月以内、青色申告の承認申請書は設立から3か月を経過した日と最初の事業年度終了の日のうち早いほうの前日までです。

問題は、会社設立の代行がどこまで扱うかです。登記までで終わる事務所もあれば、税務の届出まで見てくれる事務所もあります。

社会保険と労働保険は社会保険労務士の分野なので、税理士や司法書士だけでは対応できないことがあります。

会社設立の相談のときに「届出はどこまで扱ってもらえますか」と聞いてください。範囲がはっきりすれば、自分でやる分も見えてきます。

東京の窓口は、区市によって名前が一致しないものが多くあります。港区の労働基準監督署は三田、杉並区と中野区の社会保険は新宿年金事務所です。こういう案内があるかどうかも、依頼先を比べる材料になります。

多摩地域に本店を置く場合は、法人住民税の納め先が都税事務所と市役所の2つになります。23区の感覚で進めると、市役所への届出が抜けます。

出典：国税庁「内国普通法人等の設立の届出」（2026年9月時点）

07「早くできる」という言葉を鵜呑みにする

会社設立の日数について、誤解が生まれやすいところがあります。

定款認証は、法務省の運用で要件を満たす場合に原則48時間以内に完了する扱いが示されています。2025年3月3日から全国で実施されているものです。

ただし、これは定款認証の話です。登記の完了は別に、登記所の処理日数がかかります。

登記についても、要件を満たす場合に原則72時間以内に完了させる運用が示されていますが、実際の日数は登記所の混み具合で変わります。

会社設立の日付は登記の申請日です。登記事項証明書が必要な手続きは、完了を待つことになります。法人口座の開設も、そのひとつです。

登記の完了予定日は、東京法務局のサイトで登記所ごとに公表されています。「◯日で完了します」と言い切れるものではないので、そちらで確かめてください。

そして、会社設立の準備でいちばん時間がかかるのは手続きそのものではありません。本店を置く区市の証明書の受講に1か月以上かかります。

「早くできる」という言葉が指しているのがどの工程なのかを確かめてください。書類が整ってからの日数なのか、相談から数えた日数なのかで話がまったく変わります。

出典：日本公証人連合会「スタートアップ支援のための、定款認証に関する新たな取組について」（2026年9月時点）

08顧問契約を会社設立とセットで決めてしまう

会社設立の手数料が0円になる代わりに顧問契約を結ぶ形は、東京の税理士法人でよく見かけます。

この仕組み自体は合理的です。ただし、顧問契約は長い付き合いになることを頭に入れておいてください。

会社設立は一度きりですが、顧問契約は毎月続きます。月2万円なら1年で24万円、3年で72万円です。

会社設立の手数料の数万円と比べると、桁が違う金額になります。つまり、顧問契約のほうを先に検討すべきだということです。

顧問料に何が含まれるかも確かめてください。記帳代行、月次の面談、決算の申告、年末調整。事務所によって範囲が違います。

会社設立の相談のときに、顧問契約の条件も一緒に聞いてください。月額、最低の契約期間、含まれる業務、解約の条件。

当サイトの採点でも、顧問契約の条件を6つの軸のひとつにしています。会社設立の手数料だけでは、判断できないからです。

当サイトの順位は自社調べです。公式サイトの表示を採点して並べたもので、どれがよいかは事業の中身と予算によって変わります。

※ 各軸10点満点の60点満点。2026年9月時点の各社公式サイトの表示にもとづく当サイト調べです。公式サイトに記載がない項目は加点していません。順位は定期的に見直します。

出典：消費者庁「「No.1表示」に関する実態調査報告書」（2026年9月時点）

09まとめ

会社設立の代行選びで起きやすい思い違いは、制度の仕組みを知らないことから生まれます。本店を置く区市の証明書、電子定款、登記の代理人、手数料0円の条件、実費込みの総額、届出の担当、日数の意味。

このうち、取り返しがつかないのが証明書です。登記の後に取っても登録免許税は戻りません。受講に1か月以上かかるので、会社設立の1か月半から2か月前には動き始めてください。

残りは、会社設立の相談のときに聞けば防げます。相談は無料のところが多いので、何件か話を聞いて答え方を比べてみてください。会社設立の手数料の数万円の差より、話が通じるかどうかのほうが後で効いてきます。

出典：中小企業庁「会社設立時の登録免許税の軽減について」（2026年9月時点）