登録免許税の軽減はどこまで使えるか｜東京で「半額まで」と書く理由

軽減されるのは、登録免許税の半額までです

中小企業庁のページには、軽減後の税率が明記されています。株式会社は「資本金の額×0.35%（7.5万円に満たないときは1件につき7.5万円）」、合同会社は「資本金の額×0.35%（3万円に満たないときは3万円）」です。

つまり、株式会社なら7万5,000円、合同会社なら3万円は必ずかかります。0円にはなりません。

他の地域では、市が独自に残りの半額を補助して実質的な負担をなくす制度を持っているところがあります。東京の区市町村でそうした制度があるかを調べましたが、2026年9月時点では確認できていません。

確認できていないということは、「存在しない」という断定ではありません。区市の制度は年度ごとに変わりますし、当サイトが見落としている可能性もあります。本店を置く区市の公式ページで、創業に関する補助金の一覧を確かめてみてください。

ただ、少なくとも当サイトとしては「東京なら会社設立の登録免許税がかからない」という書き方はしません。確認できた範囲で「半額まで」と書きます。会社設立の費用を計算するときも、株式会社なら7万5,000円、合同会社なら3万円は残ると考えてください。

出典：中小企業庁「会社設立時の登録免許税の軽減について」（2026年9月時点）

資本金が大きいと、軽減の額も大きくなります

登録免許税は資本金の額に対する率で計算します。株式会社は資本金の額の1,000分の7（0.7%）で、15万円に満たないときは15万円です。

つまり、資本金が2,143万円くらいを超えると、計算した額が15万円を上回ります。この場合、軽減後は0.35%で計算するので、軽減される額も大きくなります。

たとえば資本金5,000万円なら、通常は35万円、軽減後は17万5,000円です。差は17万5,000円になります。最低額に張り付いている場合の7万5,000円より大きくなります。

合同会社も同じ仕組みです。資本金858万円くらいを超えると計算した額が6万円を上回るので、そこから先は資本金に比例して軽減の額も増えます。

とはいえ、会社設立の時点で資本金を大きくする方は多くありません。資本金1,000万円以上だと設立初年度から消費税の課税事業者になりますし、法人都民税の均等割の区分も変わります。多くの場合は最低額の話になると考えて差し支えありません。

出典：国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」（2026年9月時点）

他に下げられるところを足していく

登録免許税の軽減だけでは費用は消えませんが、他にも下げられるところがあります。足していくと、それなりの金額になります。

ひとつが電子定款です。紙の定款には収入印紙が4万円必要ですが、電子定款なら不要です。これは株式会社でも合同会社でも同じです。

もうひとつが定款認証の区分です。資本金の額等が100万円未満で、発起人の全員が自然人かつ3人以下、発起設立、取締役会を置かない場合、公証人手数料が1万5,000円になります。資本金300万円以上なら5万円なので、差は3万5,000円です。

さらに会社の形態です。合同会社なら定款認証そのものが不要で、登録免許税の最低額も6万円です。株式会社との差は10万円以上あります。

これらを足すと、株式会社を電子定款・資本金100万円未満・3要件・証明書ありで作った場合の実費は9万円です。紙の定款で資本金300万円以上・証明書なしなら23万円です。同じ株式会社でも14万円の差があります。

出典：日本公証人連合会「Q3 定款の認証に要する費用、株式会社設立の費用等はいくらですか。」（2026年9月時点）

都の助成金は、登録免許税とは別の話です

会社設立の費用を下げる話とは別に、東京都には創業を支援する助成金があります。東京都の創業助成事業です。

令和8年度の募集について、東京都の報道発表を見ると、助成対象者は「都内創業予定者又は創業して5年未満の中小企業者等」、助成率は「助成対象経費の3分の2以内」、助成限度額は400万円、助成対象期間は交付決定日から最長2年間、採択件数は年間予定200件とされています。

助成対象経費は、賃借料、広告費、器具備品購入費、産業財産権出願・導入費、専門家指導費、従業員人件費、市場調査・分析費です。会社設立の登録免許税そのものは、この一覧に入っていません。

主な申請要件として、TOKYO創業ステーションの事業計画書策定支援の終了者であることが示されています。詳細はTOKYO創業ステーションのホームページを参照するよう案内されています。

そして、年間の採択予定は200件です。申請すれば必ず通るものではありません。助成金をあてにして資金計画を立てるのは危険です。会社設立の費用を下げる話と、事業の資金を調達する話は分けて考えてください。

令和8年度の申請受付期間は、第1回が令和8年4月7日から4月16日、第2回が令和8年9月29日から10月8日です。募集期間が短いので、使うつもりなら早めに準備してください。

出典：東京都「令和8年度「創業助成事業」募集」（2026年9月時点）

区市が独自に持っている補助はあるか

登録免許税の残り半額を補助する制度は確認できていませんが、区市が独自に持っている創業向けの補助はあります。内容は区市によってまったく違います。

よくあるのが、事務所の家賃の一部を補助するもの、創業に関する経費の一部を補助するもの、利子を補給するものなどです。会社設立の費用そのものを補助する形は多くありません。

調べ方は、本店を置く区市の公式サイトで「創業」「起業」「補助金」といった言葉で探すことです。特定創業支援等事業のページから、他の支援策にたどれることもあります。

区市の窓口に問い合わせるときに、「創業に使える補助金や助成金はありますか」と一言聞いておくのがいちばん早い方法です。特定創業支援等事業の相談で窓口に行く機会があるので、そのときに一緒に聞いてください。

注意したいのは、補助金には年度と予算があることです。年度の途中で予算に達すると募集が終わりますし、翌年度に同じ制度があるとは限りません。金額だけを見て計画を立てず、募集の状況を必ず確かめてください。

出典：中小企業庁「産業競争力強化法に基づく認定を受けた市区町村別の創業支援等事業計画の概要（東京都）」（2026年9月時点）

会社設立の費用を下げる順番

ここまでの内容を、効く順に並べてみます。会社設立の費用を下げたいなら、この順番で検討するのが合理的です。

1. 合同会社で足りるか考える：株式会社との実費の差は10万円以上あります。取引先の性質と将来の資金調達を見て判断します。
2. 本店を置く区市の特定創業支援等事業を受ける：株式会社なら7万5,000円、合同会社なら3万円が下がります。
3. 電子定款にする：収入印紙の4万円が不要になります。自分で環境をそろえるより、専門家に頼むほうが早く済みます。
4. 資本金100万円未満で3要件を満たす：定款認証が1万5,000円になります。ただし事業の都合が優先です。
5. 代行手数料を比べる：0円のところもありますが、条件が付きます。

上から順に効きます。いちばん下の代行手数料の交渉は、実はいちばん効かないところです。

この順番を知らないまま会社設立を進めると、代行手数料の数万円を比べることに時間を使って、7万5,000円の制度を取り逃がすということが起きます。東京で会社設立をする方が最初に調べるべきなのは、本店を置く区市の創業支援の日程です。

とくに2番目は、代行手数料の相場に近い金額が動きます。会社設立の代行を1万円安いところに変えるより、区市の創業支援を受けるほうがはるかに効きます。

ただし1番目と4番目は、事業の都合が優先です。費用のために合同会社にしたり資本金を小さくしたりして、取引の入口で止まっては本末転倒です。2番目と3番目は、事業の都合と関係なく効きますので、まずここから当たってみてください。

出典：国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」（2026年9月時点）

制度の情報は、必ず一次情報で確かめてください

会社設立に関する制度の説明は、インターネット上に大量にあります。その多くは正確ですが、更新されていないものも混ざっています。

たとえば定款認証の公証人手数料は2024年12月1日に改定され、資本金100万円未満で3要件を満たす場合は1万5,000円になりました。この改定を反映していない説明が残っていることがあります。

日本政策金融公庫の「新規開業資金」は2025年3月に「新規開業・スタートアップ支援資金」へ名前が変わっています。旧名称のまま書かれている説明もあります。

定款認証の48時間特別処理も、2024年1月に東京都と福岡県で始まったあと、2025年3月3日から全国の公証役場で実施されるようになりました。「東京と福岡だけ」と書かれた説明を見かけたら、書かれた時期を確かめてください。

この48時間特別処理についても、正確に書いておきます。48時間以内に終わるのは定款認証の手続で、登記の完了は別に、登記所の処理日数がかかります。会社設立が終わるのは設立登記が完了したときなので、そこを混同した説明は正確ではありません。

当サイトでも、記事を書く前に公式ページを開いて確認しています。それでも制度は変わるので、実際に会社設立を進めるときは、必ずご自身で確かめてください。この記事の各見出しの末尾に、確認に使った公式ページへのリンクを置いています。

金額に関わることは、国税庁、中小企業庁、日本公証人連合会、東京都主税局、そして本店を置く区市の公式ページが出所になります。会社設立の代行のサイトの説明も参考になりますが、金額はこれらの一次情報で裏を取ってください。

出典：中小企業庁「会社設立時の登録免許税の軽減について」（2026年9月時点）

会社設立の代行に頼む場合の確かめ方

会社設立の代行を選ぶときに、この制度について案内があるかどうかは、ひとつの目安になります。

証明書の取得そのものは本人が行うので、代行に頼めるものではありません。けれど、制度の存在を教えてくれるかどうかで7万5,000円の差が出ます。

東京の会社設立の代行のサイトを見ると、この制度に触れているところと触れていないところがあります。八王子市に拠点を置く税理士法人は「市区町村の計画については、設立しようとしている会社の本店所在地の市区町村にご確認ください」と案内しています。

全国対応のクラウドサービスでは、この案内は期待しにくくなります。書類作成のツールなので、自治体の窓口との手続きは範囲外だからです。クラウドサービスを使う場合こそ、自分で調べる必要があります。

問い合わせのときに「本店を置く区の特定創業支援等事業は使えますか」と聞いてみてください。答えられなくても悪い事務所というわけではありませんが、答えられる事務所は東京の制度に通じていると考えてよいはずです。

※ 2026年9月時点の各社公式サイトの表示にもとづきます。記載がない項目は「公式サイトに記載なし」としています。料金・条件は変わることがあるため、申し込む前に必ず公式サイトで確認してください。掲載は当サイト調べです。

出典：渋谷区「特定創業支援等事業による支援を受けたことの証明書について」（2026年9月時点）

まとめ

特定創業支援等事業の証明書で軽減されるのは、登録免許税の半額までです。株式会社なら7万5,000円、合同会社なら3万円は残ります。残りを補助して負担をなくす制度は、都内の区市町村では確認できていません（2026年9月時点）。

それでも、会社設立の費用を下げる方法としてはいちばん効きます。電子定款で4万円、定款認証の区分で3万5,000円と足していけば、株式会社でも実費を9万円まで下げられます。

東京都には創業助成事業もありますが、こちらは会社設立の費用ではなく事業の経費を助成するもので、年間の採択予定は200件です。申請すれば通るものではないので、資金計画の前提にはしないでください。使える制度を組み合わせて、着実に下げていくのが現実的な進め方です。

出典：TOKYO創業NET「創業助成事業」（2026年9月時点）